KIAFA의 목표는, 작게는 독립애니메이션의 창작활동과 소통에 활력을 심는 것이며, 크게는 협회의 창의적인 대안제시와 행동하는 실천을 통하여 한국 독립애니메이션이 한국 애니메이션과 한국 사회가 향하는 열린 미래의 희망으로 자리잡는 것이라 할 수 있습니다.

• 하나, 이를 위해 KIAFA는 애니메이션의 예술표현의 자유 및 문화적 다양성 확보를 위한 여러 방안을 실천한다.
• 둘, 독립애니메이션 창작활성화와 위상제고를 위한 다양한 정책사업을 추진한다.
• 셋, 독립애니메이션의 원활한 소통을 위한 대안적 배급사업을 펼쳐 나간다.
• 넷, 독립애니메이션 창작자들 간의 상호 정보교류 및 협력도모를 증진시킨다.
• 다섯, 독립애니메이션 영화제 및 다양한 상영화를 통해 대중적 소통의 장을 확장한다.
• 여섯, 독립애니메이션 예술적 기술적 발전을 위한 연구 및 교육 사업을 펼쳐 나간다.
• 일곱, 한국 애니메이션 공동의 발전을 위해 관련 단체와 연대활동을 적극 펼쳐 나간다.